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Text File  |  1995-03-04  |  2.6 KB  |  54 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, lacI family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One of these subfamilies groups together [1,2]:
  8.  
  9.  - ascG, the ascBF operon repressor.
  10.  - ccpA, a transcriptional  regulator  involved  in  catabolic  repression  of
  11.    alpha-amylase in Bacillus subtilis.
  12.  - cytR, a repressor of genes  such  as  deoCABD,  udp,  and cdd  which encode
  13.    catabolizing enzymes; and  nupC,  nupG,  and  tsx encoding transporting and
  14.    pore-forming proteins.
  15.  - ebgR, the repressor for  the  genes coding for beta galactosidase alpha and
  16.    beta subunits.
  17.  - fruR (or shl), the fructose repressor. FruR is implicated in the regulation
  18.    of a large number  of  operons  encoding  enzymes  which  comprise  central
  19.    pathways of carbon metabolism.
  20.  - galR, the galactose operon repressor.
  21.  - galS, the mgl operon repressor and galactose ultrainduction factor.
  22.  - lacI, the lactose operon repressor.
  23.  - malI, a maltose regulon protein that represses the malXY genes.
  24.  - nfxB, which  may  repress  the expression of genes that are associated with
  25.    cell permeability to drugs such as guinolones in Pseudomonas aeruginosa.
  26.  - opnR, the opine utilization repressor in Agrobacterium rhizogenes.
  27.  - purF, a repressor for genes encoding purine nucleotide synthesis enzymes.
  28.  - rafR, the raffinose operon repressor.
  29.  - rbsR, the ribose operon repressor.
  30.  - rbtR, the ribitol operon repressor.
  31.  - scrR, the repressor for the scr operon in enteric bacteria.
  32.  
  33. Most of the proteins in this family recognize sugar-inducers. The 'helix-turn-
  34. helix'  DNA-binding  motif  of  these  proteins  is  located in the N-terminal
  35. extremity of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins spans
  36. the complete motif except for the last residue.
  37.  
  38. -Consensus pattern: [LIVM]-x-[DE]-[LIVM]-A-x(2)-[STAG]-x-V-[SP]-x(2)-[STAG]-
  39.                     [LIVMA]-x(2)-[FLIVMAN]-[LIVMC]
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  41.  for rafR.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43.  
  44. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  45.                                 jreizer@ucsd.edu
  46.  
  47. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  48.  
  49. [ 1] Vartak N.B., Reizer J., Reizer A., Gripp J.T., Groisman E.A., Wu L.-F.,
  50.      Tomich J.M., Saier M.H. Jr.
  51.      Res. Microbiol. 142:951-963(1991).
  52. [ 2] Weickert M.J., Adhya S.
  53.      J. Biol. Chem. 267:15869-15874(1992).
  54.